Nachdem Kölner Erzbischöfe 1543/47 und 1583/84 vergeblich versucht hatten, die Reformation im Erzbistum Köln einzuführen, verharrten die Gläubigen zum weitaus größten Teil im altkirchlichen Glauben. In einigen Gebieten setzte sich allerdings der Protestantismus in lutherischer oder reformierter Form durch, doch nur in wenigen kleineren Gebieten wurde die Entscheidung des Landesherren konstitutiv für die Konfession der Untertanen. Protestantische Gebiete lagen vor allem in Teilen Westfalens, des Niederrheins sowie im Bergischen und im Westerwald. In den großen Territorien Jülich-Berg-Kleve-Mark kam es zu stark gemischtkonfessionellen Verhältnissen als Folge spezifischer landesherrlicher Reformwege im 16. Jahrhundert sowie fehlender Festlegung "von oben" aufgrund des zeitweiligen politischen Schwebezustands unter einer Gemeinschaftsregierung von zwei seit 1614 konfessionell verschiedenen Landesherren (Brandenburg, reformiert, bzw. Pfalz-Neuburg, katholisch). Lokal wie regional ist je nach der Situation im Stichjahr 1609 bzw. dem im Westfälischen Frieden festgesetzten Stichjahr 1624 die Gemeindebildung und -ausstattung staatlicherseits geregelt worden. An manchen Orten behalf man sich mit "Simultaneen", d. h. Kirchengebäuden, die beiden Konfessionen gehörten. Das Verhältnis der Konfessionen war sowohl von distanzierter Ruhe als auch von ständigen Auseinandersetzungen um die Wahrung der jeweiligen Rechte geprägt. Immerhin haben Menschen, die z. B. aufgrund konfessionsverschiedener Ehe in Orte mit Gemeinden anderer Konfession zogen, meist ihren persönlichen Glauben praktizieren können.

Seit 1815 wurde das Nebeneinander von Katholizismus und Protestantismus in erheblichem Maße durch die Tatsache bestimmt, dass der preußische Staat faktisch wie offiziell ein evangelischer Staat war. Entsprechend belastend wirkten sich die großen Kirche-Staat-Konflikte bis zum Ende des Kulturkampfes aus; erst die Gleichberechtigung im demokratischen Staatswesen seit 1918 änderte die Lage grundlegend. In beiden Konfessionen hatten sich im frühen 19. Jahrhundert strenggläubigere Richtungen durchgesetzt, katholischerseits der sog. Ultramontanismus. Im gottesdienstlichen Raum wahrte die katholische Kirche klare Distanz zu den Protestanten. So ist die Errichtung eines neuen Simultaneums im Altenberger Dom als Preis und Bedingung staatlicher Finanzhilfe für den Wiederaufbau der verfallenen Klosterkirche ausdrücklich gegen ihren Willen erfolgt; es kamen Ängste auf, der Staat wolle auch den vollendeten Kölner Dom zur Simultankirche machen.

Erst die gemeinsame Erfahrung bisher ungekannter Bedrängnis unter einem atheistischen Regime hat auf beiden Seiten das Verständnis füreinander gefördert, auch zu spontaner praktischer Hilfeleistung bei der Bereitstellung von Kirchen für Gottesdienste der anderen Konfession. Dabei legte man katholischerseits Wert auf den Status einer Ausnahmeregelung; im Hintergrund stand stets die Sorge um ernst zu nehmende Glaubensgefahren durch eine Unterschätzung der grundlegenden Unterschiede zwischen den Konfessionen. Während bislang protestantischer Zuzug in katholische Gebiete primär durch preußische Beamte und Militärs erfolgt war, setzte nach dem Zweiten Weltkrieg aufgrund des Zuzugs von Vertriebenen sowie steigender Mobilität eine spürbare Veränderung der örtlichen und regionalen Verteilung von Protestanten und Katholiken ein. Die Bemühungen um Gestaltung des gesellschaftlichen Lebens in der Bundesrepublik brachten sowohl Kontakte zur partnerschaftlichen Interessenwahrung als auch gewisse Spannungen vor dem Hintergrund von Kultur- und Parteipolitik. Ansätze zu einem ökumenischen Dialog und Miteinander gab es auch im Erzbistum Köln; erwähnt seien der Kölner Stadtdechant Robert Grosche und seine Zeitschrift "Catholica". Doch hat die sog. "Una-sancta-Bewegung" hier offenbar weniger Förderung gefunden als andernorts. Die verschiedenen katholischen Bewegungen und Initiativen haben dann in Verbindung mit dem Zweiten Vatikanischen Konzil den neuen Geist der Ökumene zur Entfaltung gebracht, wie er heute selbstverständlich geworden ist.