Eine erste überdiözesane Ordnung im Sinne einer Metropolitanverfassung hat schon in der spätrömischen Zeit bestanden. Im Frankenreich verlor sie allerdings an Bedeutung, bis nach einem gescheiterten Versuch des Bonifatius, die Bistümer wieder in einer Provinzialverfassung zu organisieren, Karl d. Große den entscheidenden Schritt vollzog: Um 800 hat er die Kölner Kirchenprovinz eingerichtet. Die bisherigen Bischöfe von Köln standen nunmehr als Erzbischöfe einem Metropolitanverband vor, zu dem lange Zeit die Suffraganbistümer Lüttich, Utrecht, Münster, Osnabrück und Minden gehörten. Der Kölner Erzbischof verfügte demnach nicht nur über die Jurisdiktion in seiner eigenen Diözese, sondern auch über weitergehende Jurisdiktions- und Ehrenrechte, namentlich bei der Einsetzung der Suffraganbischöfe und bei der Abhaltung von Provinzialsynoden.

Die Verwaltung des im Vergleich zu heute sehr großen Erzbistums Köln war durch die Aufteilung in vier große Archidiakonate und hiermit konkurrierende 25 Dekanate, die z. T. in den Rang von Kleinarchidiakonaten aufstiegen, eher dezentral und bischofsfern organisiert. Der beträchtlichen Größe der Dekanate, die auch als "Christianitäten" bezeichnet wurden, entsprach der Rang der Dechanten; die Archidiakone maßten sich z. T. sogar Rechte an, die eigentlich dem Erzbischof bzw. seinem Generalvikar vorbehalten waren. Das Bischofsamt beinhaltet zum einen die Sorge um die Bewahrung und Verbreitung der Lehre; hierin sind auch die Erziehung und Beaufsichtigung des Diözesanklerus eingeschlossen. Wegen der weiten Entfernungen im Erzbistum, vor allem auch wegen der gleichzeitigen starken Inanspruchnahme durch weltliche Regierungsgeschäfte, delegierten die Kölner Erzbischöfe einen großen Teil der Weihehandlungen wie Firmung, Priesterweihe, Konsekration von Kirchen und Altären oder Bereitung der heiligen Öle an ihre Weihbischöfe. Die geistliche Gerichtsbarkeit und die Disziplinargewalt wurde aus denselben Gründen dem Offizial und den Archidiakonen übertragen. Bei wichtigeren Entscheidungen, nicht zuletzt in politischen Angelegenheiten, stand ihnen anfangs ein Gremium von herausragenden Prälaten des Erzbistums, das sog. Priorenkolleg, nach dessen Ausschaltung (noch vor 1250) aber das Domkapitel zur Seite. Letzteres war nicht nur für den Gottesdienst in der Kathedralkirche verantwortlich, sondern besaß auch das Recht der Bischofswahl. Vor allem konnte es durch die berühmte Erblandesvereinigung von 1463 seine Mitregentschaft und seinen Rang als erster Landstand in Kur- Köln sichern. Seit dem Ende des Mittelalters beherrschte das Domkapitel sowohl die alten Archidiakonate als auch die modernen Verwaltungsstrukturen (die Ämter von Offizial, Generalvikar und Weihbischof), die ebenso wie die Pfarreien im Kern mit ihren heutigen Ausprägungen vergleichbar sind.

Die Französische Revolution, deren welthistorische Bedeutung unbestritten ist, führte zum Untergang des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation und zu großen Umwälzungen in den verschiedensten Lebensbereichen. Der Kölner Erzbischof musste 1794 vor den anrückenden französischen Revolutionstruppen aus seiner Bonner Residenz fliehen; sein Kurstaat ging ebenso wie das altehrwürdige Erzbistum unter. Die linksrheinischen Gebiete wurden 1801 zum Bestandteil der Französischen Republik. Nachdem Napoleon am 15. Juli 1801 ein Konkordat mit Papst Pius VII. geschlossen hatte, kam es noch im selben Jahre zur Errichtung des Bistums Aachen, das von Kleve bis zur Nahe reichte. Die gegen die Kirche gerichteten Maßnahmen gipfelten in der Säkularisation, die links des Rheines 1802, rechts des Rheines etwas später auf der Grundlage des sog. Reichsdeputationshauptschlusses von 1803 durchgeführt wurde. Alle Stifte und Klöster – von letzten ausgenommen nur diejenigen, die sich ausschließlich der Erziehung oder Krankenpflege widmeten – gingen unter. Im linksrheinischen Teil des alten Erzbistums Köln wurden 219 geistliche Gemeinschaften säkularisiert, ihre Güter von den neuen Machthabern eingezogen. Zu den aufgehobenen kirchlichen Institutionen gehörte auch das Kölner Domstift, da der Dom seinen Rang als Bischofskirche verlor. Lediglich die Pfarreien und das Priesterseminar blieben bestehen. So fußt die Kontinuität der kölnischen Kirche vornehmlich auf der ungebrochenen Fortexistenz der Pfarreien.

Der kölnische Kurstaat, dessen territoriale Entwicklung und politische Rolle im Konzert der Mächte im Reich hier nicht abgehandelt werden können, ging im Gefolge der Französischen Revolution unter. Aus der heutigen Sicht war es kein Unglück, dass, wie es Kardinal Höffner einmal formuliert hat, dem Kölner Erzbischof das Schwert aus der Hand genommen wurde und dieser sich fortan mit dem Krummstab begnügen musste.